村民违建问题主要由乡镇人民政府、县级以上人民政府城乡规划主管部门以及自然资源部门负责处理，具体责任分工依据违建的性质和地点而定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
乡镇人民政府：
- 主要职责：乡镇人民政府作为基层政府部门，对本行政区域内的农村自建房有属地管理职责。根据《中华人民共和国城乡规划法》及相关法规，乡镇人民政府负责乡村规划的组织实施和监督管理工作，对未依法取得乡村建设规划许可证或未按规划进行建设的行为，有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除违建。
- 实际操作：乡镇人民政府能够及时发现并制止违建情况，确保农村建设符合规划要求。例如，如果村民在自家宅基地上未经批准擅自加盖房屋，乡镇人民政府在巡查发现后，会立即进行制止，并要求村民补办相关手续或拆除违建部分。
县级以上人民政府城乡规划主管部门：
- 主要职责：在城市、镇规划区内，对于未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设的行为，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责处理。处理方式包括责令停止建设、限期改正并处以罚款（建设工程造价的5%-10%），以及无法采取改正措施消除影响时的限期拆除或没收实物/违法收入，并可并处罚款（建设工程造价的10%以下）。
- 适用范围：当村镇违建涉及违反城市、镇规划相关规定时，该部门有权力和职责进行查处。例如，如果村民在村庄规划区内擅自建设商业用房，且未取得建设工程规划许可证，城乡规划主管部门将依法进行查处。
自然资源部门：
- 主要职责：若违建涉及非法占用土地等问题，如未经批准或骗取批准非法占用土地建住宅，自然资源部门将介入处理。处理方式包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法土地上新建的房屋等。
- 监督职责：自然资源部门还负责对土地使用和管理进行监督，确保土地资源合理利用，防止因违建造成资源浪费和违规使用。例如，如果村民在耕地上擅自建设住宅，自然资源部门将依法进行查处，并要求村民恢复土地原状。
实际操作建议：
- 若发现村镇存在违建行为，应首先向当地的城乡规划主管部门或乡镇人民政府举报。举报时，应尽可能提供详细的违建信息，如违建地点、规模、建设时间等，以便相关部门及时查处。
- 对于涉及土地问题的违建，也可以同时向自然资源部门反映情况。自然资源部门将根据具体情况进行调查处理，并依法对违建行为进行处罚。
- 在处理违建问题时，各部门应加强沟通协作，形成合力。例如，乡镇人民政府在发现违建行为后，可以及时与城乡规划主管部门和自然资源部门沟通，共同制定处理方案，确保违建问题得到及时有效解决。
法律依据：
- 《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条：在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
- 《中华人民共和国土地管理法》第七十七条：未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
综上所述，村民违建问题的处理需要多部门协同合作，共同维护城乡规划和土地管理的法制秩序。如果您在村镇违建问题上遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。