如果检察院决定不起诉，被扣押的手机是否会归还，取决于手机是否与案件有关以及是否作为作案工具。

1. 手机作为作案工具的情况：

   • 如果手机被认定为实施犯罪的工具，例如用于存储、传播或制作淫秽物品等违法行为，那么根据法律规定，该手机是会被依法没收的，不会归还给犯罪嫌疑人或被告人。没收的手机将作为案件证据之一，用于法庭审判，案件结束后会按照相关规定进行处理。

2. 手机与案件无关的情况：

   • 如果手机并未被用于实施任何违法行为，即与案件无关，那么在案件调查清楚且检察院决定不起诉后，手机应当退还给其合法持有人。退还时，通常需要留下相关凭证，以确保手机归还的准确性。

综上所述，被扣押的手机是否会归还，关键在于手机是否与案件有关以及是否作为作案工具。如果手机与案件无关，检察院决定不起诉后，手机应当被退还给合法持有人。如果手机被认定为作案工具，则会被依法没收，不会归还。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。