案件调查扣押的手机在特定条件下是会归还的。具体分析如下：

在司法实践中，案件调查期间扣押的手机，其归还与否主要取决于以下几个因素：

1. 案件性质与调查需要：

   • 如果手机是作为案件的重要证据或涉案工具被扣押，那么在案件调查清楚、证据收集完毕后，且手机与案件无直接关联或不再需要作为证据时，通常会归还给原持有人。
   • 如果手机涉及刑事犯罪，如诈骗、传播违法信息等，且被法院判定为作案工具或违法所得，那么可能会根据法律规定被没收，而不会归还。

2. 法律程序与规定：

   • 扣押手机是司法机关依法进行的侦查行为，必须遵循法律程序。在扣押时，司法机关会出具扣押决定书，并告知当事人相关权利。
   • 当案件调查结束，或者手机不再作为证据使用时，司法机关会依法解除扣押，并通知当事人领取。

3. 实际情况与操作：

   • 在实际操作中，扣押手机的归还时间可能会因案件复杂度、司法机关的工作效率以及当事人配合程度等因素而有所差异。
   • 如果当事人对扣押决定有异议，可以通过法律途径提出申诉或复议，要求司法机关依法处理。

综上所述，案件调查扣押的手机在案件调查清楚、证据收集完毕，且不再需要作为证据或涉案工具时，通常是会归还给原持有人的。但具体归还时间、方式等还需根据案件实际情况和司法机关的具体操作来确定。如果您对扣押决定有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。