公司决议无效且拒不撤销时，登记机关有权依职权或依利害关系人申请纠正登记，公司可能面临行政处罚。具体分析如下：
法规依据与解析
根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，当公司股东会、董事会决议被法院宣告无效、撤销或确认不成立时，公司需向登记机关申请撤销基于该决议已办理的登记，如变更法定代表人、注册资本、股权等。这一规定的目的是确保公司登记信息的真实性与合法性，纠正因瑕疵决议导致的登记错误。
登记机关的处理方式
- 依职权纠正：若公司未及时申请撤销基于瑕疵决议的登记，登记机关有权依职权进行纠正，恢复正确的登记状态。
- 依利害关系人申请纠正：利害关系人（如股东、债权人等）发现公司登记信息存在错误，且该错误是基于瑕疵决议导致的，可以向登记机关申请纠正。登记机关在核实情况后，会依法进行纠正。
公司可能面临的后果
- 行政处罚：若公司拒不履行撤销登记义务，登记机关有权对公司进行行政处罚，如罚款、警告等。
- 法律纠纷：因公司登记信息错误导致的法律纠纷，公司可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失等。
实务操作建议
- 及时申请撤销登记：公司在收到法院生效裁判后，应立即向登记机关提交申请，撤销基于瑕疵决议的登记，以避免可能的法律风险。
- 通知相关方：公司应向已基于瑕疵决议交易的相对人说明情况，协商后续处理方案，如合同解除或变更等。
- 股东及利害关系人的权利行使：若公司怠于申请撤销登记，股东及利害关系人可以向法院申请强制执行，或请求登记机关直接纠正，以维护自身合法权益。
综上所述，公司决议无效且拒不撤销时，登记机关有权进行纠正，并可能对公司进行行政处罚。因此，建议公司在收到法院生效裁判后，及时履行撤销登记义务，以避免不必要的法律风险。