如果招标机构没有在法律规定的时间内回复异议，将可能被有关行政监督部门责令改正，若拒不改正或者不能改正并影响中标结果，则可能导致招标、投标、中标无效，并应当依法重新招标或者评标。

一. 招标机构未及时回复异议的法律责任

1. 责令改正：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第八十一条，招标人不按照规定对异议作出答复，继续进行招标投标活动的，由有关行政监督部门责令改正。这是招标机构未及时回复异议的首要法律责任。

2. 招标、投标、中标可能无效：若招标机构拒不改正或者不能改正并影响中标结果，依法必须进行招标的项目的招标投标活动违反招标投标法和本条例的规定，对中标结果造成实质性影响，且不能采取补救措施予以纠正的，招标、投标、中标将无效。这是招标机构未及时回复异议可能面临的严重后果。

3. 重新招标或评标：一旦招标、投标、中标被认定为无效，招标机构应当依法重新招标或者评标，以确保招标投标活动的公正性和合法性。

二. 实际案例理解

• 例如，在某次招标投标活动中，某招标机构在收到投标人的异议后，未在规定时间内作出答复，并继续进行了招标投标活动。后来，经有关行政监督部门调查，认定该招标机构未及时回复异议的行为违反了法律规定，并责令其改正。但由于该行为已经对中标结果造成了实质性影响，且无法采取补救措施予以纠正，最终该招标、投标、中标被认定为无效，招标机构不得不重新进行招标。

综上所述，招标机构应当严格遵守法律规定，及时对异议作出答复，以避免可能承担的法律责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。