关于“顶包自首未影响责任判定保险公司是否赔偿”的问题，这主要涉及到保险赔偿的原则以及相关法律法规的规定。

首先，我们要明确的是，在交通事故中，如果涉及到了顶包行为，即有人代替实际驾驶人承担责任，这本身就是一种违法行为，因为它干扰了事故的真实性和责任判定的准确性。然而，在您所描述的情况中，顶包者后来自首，并且这一行为并未影响事故责任的最终判定。

接下来，我们来看保险赔偿的原则。保险公司承担赔偿责任的前提是，事故必须是在保险责任范围内发生的，并且投保人、被保险人或受益人没有违反保险合同中的相关条款。其中，一个重要的条款就是关于事故的真实性和责任判定的准确性。如果投保人、被保险人或受益人故意隐瞒事故真相或提供虚假信息，保险公司是有权拒绝赔偿的。

但是，在您所描述的情况中，虽然存在顶包行为，但顶包者的自首并未影响事故责任的判定。这意味着，从法律层面上讲，事故的责任已经得到了准确的认定，并且这一认定并未受到顶包行为的影响。因此，从理论上讲，如果其他赔偿条件都满足（比如没有酒后驾车、无证驾车等违法行为），保险公司应该是需要承担赔偿责任的。

然而，还需要注意的是，保险公司可能会对这种情况进行特别的审查。因为顶包行为毕竟是一种不诚信的行为，它可能会让保险公司对事故的真实性和责任判定产生怀疑。因此，在处理这种情况时，保险公司可能会要求提供更多的证据和资料来证明事故的真实性和责任判定的准确性。

综上所述，虽然顶包行为本身是一种违法行为，但在您所描述的情况中，如果顶包者的自首并未影响事故责任的判定，并且其他赔偿条件都满足的话，保险公司理论上应该是需要承担赔偿责任的。但具体赔偿情况还需要根据保险公司的实际审查结果来确定。