非全日制合同扣工资是否合法，需根据具体情况判断。

1. 非全日制用工小时计酬标准：根据《中华人民共和国劳动合同法》第七十二条，非全日制用工小时计酬标准不得低于用人单位所在地人民政府规定的最低小时工资标准。这是非全日制用工的基本薪酬保障。

2. 劳动报酬结算与支付：同样依据上述法律，非全日制用工劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日。这意味着用人单位应按时支付非全日制员工的工资。

3. 扣工资的合法性：

   • 若非全日制员工因个人原因给用人单位造成经济损失，且劳动合同中有相应约定，用人单位可以按照劳动合同约定从员工工资中扣除经济损失赔偿。但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准（依据《工资支付暂行规定》第十六条）。
   • 若劳动合同中未明确约定扣工资的情形，或扣工资的理由不符合法律规定（如无故扣减、恶意拖欠等），则扣工资行为不合法。

综上所述，非全日制合同扣工资是否合法，关键在于扣工资的理由和依据是否合法、合理，并且是否符合劳动合同的约定。若您在此方面遇到纠纷或疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律分析和建议。