网贷公司申请扣除薪资命令书并不合法。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这表明，用人单位无权单方面扣除员工的薪资，除非有合法的理由和明确的约定。
   • 同时，根据该法第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。这意味着，任何关于薪资的变更都需要双方协商一致，并以书面形式确认。

2. 分析网贷公司的行为：

   • 网贷公司并非员工的用人单位，因此无权直接申请扣除员工的薪资。
   • 即使网贷公司与员工之间存在债权债务关系，也不能通过申请扣除薪资命令书的方式来强制执行。债权债务关系应当通过合法的诉讼或仲裁程序来解决。

3. 员工的应对措施：

   • 如果员工收到类似的扣除薪资命令书，应当首先核实其真实性，并咨询专业律师的意见。
   • 如果确认该命令书不合法，员工可以向当地劳动行政部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，网贷公司申请扣除薪资命令书并不合法。员工在面对此类情况时，应当保持警惕，及时咨询专业律师，并通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何进一步的法律问题或需要更详细的帮助，请直接向我咨询。