工程已结束未收取施工单位质量保证金，应通过与施工单位协商、补签协议或采取法律手段进行整改。以下是对此问题的详细分析：
一. 分析未收取质量保证金的原因及后果
- 原因：可能是工程结束时双方未就质量保证金达成一致，或是因疏忽遗漏了此环节。
- 后果：未收取质量保证金可能导致工程在质保期内出现质量问题时，难以有效保障自身的权益，增加维修成本和风险。
二. 整改措施
与施工单位协商：
- 首先，应与施工单位进行沟通，明确双方对于质量保证金的立场和期望。
- 协商确定质量保证金的金额、支付方式和时间等具体条款。
补签协议：
- 如果双方达成一致，应尽快补签关于质量保证金的协议。
- 根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，协议应明确双方的权利和义务，以及违约时的责任承担。
- 例如，协议中可以约定，如果施工单位在质保期内未履行维修义务，发包方有权使用质量保证金进行维修。
采取法律手段：
- 如果协商无果，发包方可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
- 可以向人民法院提起诉讼，要求施工单位支付质量保证金。
- 在此过程中，应收集相关证据，如工程合同、施工记录、验收报告等，以证明施工单位未支付质量保证金的事实。
三. 后续管理
- 在整改完成后，应加强对工程质量保证金的管理和监督，确保其在质保期内得到有效利用。
- 同时，应建立完善的工程质量保证金制度，明确质量保证金的收取、使用和管理流程，避免类似问题的再次发生。
我建议，在与施工单位协商或采取法律手段时，应充分考虑工程实际情况和双方利益，寻求妥善解决方案。同时，加强后续管理，确保工程质量保证金制度的有效实施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。