核心结论：针对工程质保金按百分之五收取而未按合同约定的百分之三收取，且已期满返还给供应商的情况，整改措施主要包括与供应商协商、审查合同条款、完善内部管理流程以及考虑法律风险与应对措施。以下是对这些整改措施的详细阐述：

1. 与供应商协商：

   • 沟通解释：首先，应与供应商进行坦诚的沟通，解释质保金收取比例与合同不符的原因（如内部流程错误、信息传递失误等），并表达歉意。
   • 协商解决方案：探讨是否有可能通过双方协商，对已返还的质保金进行部分调整或补偿，以符合合同约定的比例。这可能涉及退还多收的部分或提供其他形式的补偿。

2. 审查合同条款：

   • 确认合同内容：仔细审查与供应商签订的工程合同，特别是关于质保金收取比例、返还条件及时间等条款，确保对合同内容有准确的理解。
   • 评估违约责任：根据合同条款，评估因质保金收取比例不符而可能承担的违约责任，包括是否需要支付违约金、赔偿损失等。

3. 完善内部管理流程：

   • 修订流程制度：针对此次事件暴露出的内部管理问题，修订和完善质保金收取、管理及返还的相关流程制度，确保未来操作符合合同约定和法律法规要求。
   • 加强培训与监督：加强对相关人员的培训，提高其对合同条款和内部流程的理解和执行能力；同时，建立有效的监督机制，确保流程得到严格执行。

4. 考虑法律风险与应对措施：

   • 法律风险评估：咨询法律专业人士，对可能因质保金收取比例不符而引发的法律风险进行全面评估。
   • 制定应对措施：根据法律风险评估结果，制定相应的应对措施，如准备应对供应商可能的法律诉讼、协商和解方案等。

额外建议：

• 建立合规文化：在企业内部倡导合规文化，强调遵守合同约定和法律法规的重要性，减少类似事件的发生。
• 定期审计与检查：定期对质保金等财务事项进行审计和检查，确保各项操作符合内部规定和外部法规要求。

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