关于法院是否有权冻结农业补贴社保卡的问题，这需要根据具体情况和相关法律规定来进行详细分析。

首先，我们要明确一点，法院在一般情况下是有权对被执行人的财产进行冻结的，这是为了保证执行判决的顺利进行。这种冻结措施通常适用于银行账户、支付宝、微信零钱等数字化资产。然而，社保卡由于其特殊性质，即它主要用于支付和报销医疗、养老等社会保险待遇，属于专项资金，原则上不得挪作他用。

针对社保卡内的资金，根据《社会保险法》等相关法律法规，地方人民法院在审理和执行民事经济纠纷案件时，通常不得查封、冻结、扣缴社会保险基金。这是因为社会保险基金是专项用于保障企业退休职工、失业人员的基本生活需要的，属于专项资金，有其特定的用途。

那么，对于农业补贴社保卡来说，如果其内的资金是专门用于支付社会保险待遇的，比如养老金、医疗报销等，那么法院通常是不会对这部分资金进行冻结的。因为这样做可能会违反相关法律法规，损害被执行人的合法权益。

但是，如果农业补贴社保卡内的资金被用作个人存款或者用于其他非法用途，并且法院有明确的证据表明这些资金与案件有关，那么法院在符合相关法律程序的情况下，可能会对这部分资金进行冻结。

总的来说，法院冻结农业补贴社保卡是否合法，取决于社保卡内资金的具体用途以及法院是否有明确的法律依据和正当程序。如果被执行人认为法院的冻结措施不合法或者存在错误，可以通过法律途径提出执行异议，来维护自己的合法权益。