结论：对方冻结并划扣您账户上的农业补助款是否合法，需根据具体情况判断，主要包括是否经过法定程序、是否与交通事故赔偿相关以及款项性质是否可被执行。以下从不同角度为您详细分析：
一、法定程序角度
执行依据：对方若要冻结并划扣您的银行账户，必须持有法院或其他有权机关（如仲裁机构）作出的有效执行文书，如判决书、裁定书或仲裁裁决书等。这是对方采取强制执行措施的前提。
执行程序：在获得执行依据后，对方需向法院申请强制执行，由法院依法对您的财产进行查封、冻结或划扣。法院在执行过程中会遵循法定程序，包括通知您、告知您相关权利等。
若对方未遵循上述法定程序，直接冻结并划扣您的农业补助款，则属于违法行为，您有权向法院提出异议，要求撤销该执行行为。
二、与交通事故赔偿的相关性角度
赔偿范围：交通事故赔偿通常包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等。农业补助款一般不属于交通事故赔偿的直接范围。
执行标的：法院在执行过程中，会考虑被执行人的基本生活需求和财产状况，选择适当的执行标的。若您的农业补助款是您的主要生活来源或具有特定用途（如农业生产资料补贴），法院在执行时可能会予以考虑，避免过度执行影响您的基本生活。
若对方冻结并划扣的农业补助款与交通事故赔偿无直接关联，或该款项是您的主要生活来源，您有权向法院提出执行异议，要求停止执行或调整执行标的。
三、款项性质角度
专款专用：农业补助款通常具有专款专用的性质，用于支持农业生产、改善农民生活等。若该款项被明确指定为不可被执行的财产（如特定用途的补贴、救助金等），则对方无权冻结并划扣。
财产性质：即使农业补助款未被明确指定为不可被执行的财产，法院在执行时也会考虑其性质。若该款项是您通过合法途径获得，且未用于非法活动，法院在执行时可能会予以保护。
若您的农业补助款具有专款专用性质或属于受法律保护的财产，您有权向法院提出执行异议，要求确认该款项不可被执行。
建议与行动
核实执行依据：首先，您需要核实对方是否持有有效的执行文书，以及该文书是否涉及您账户上的农业补助款。
提出执行异议：若您认为对方的执行行为违法或不当，可以向法院提出执行异议，要求撤销或调整执行行为。在提出异议时，您需要提供相关证据证明您的主张。
咨询专业律师：由于执行程序涉及复杂的法律问题和程序要求，建议您在提出异议前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议。