《保障农民工工资支付条例》适用于企业、公司及工厂。具体分析如下：

一. 适用对象

• 《保障农民工工资支付条例》的制定，旨在规范农民工工资的支付行为，保障农民工的合法权益。该条例明确规定了用人单位在支付农民工工资时应遵循的规则和应承担的责任。
• 根据条例的定义，用人单位包括企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织，以及依法与劳动者建立劳动关系的国家机关、事业单位、社会团体。因此，企业、公司及工厂作为用人单位的一种形式，自然受到该条例的约束。

二. 具体规定

• 例如，条例中要求用人单位实行农民工劳动用工实名制管理，与招用的农民工书面约定或通过依法制定的规章制度规定工资支付标准、支付时间、支付方式等内容（《保障农民工工资支付条例》第六条）。这些规定直接针对用人单位，包括企业、公司及工厂。

三. 实际应用

• 在实际操作中，无论是企业、公司还是工厂，只要其招用了农民工，就必须遵守《保障农民工工资支付条例》的相关规定，确保农民工工资的按时足额支付。

综上所述，《保障农民工工资支付条例》明确适用于企业、公司及工厂等用人单位，以确保农民工的合法权益得到有效保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。