在合同纠纷中，如果原告仅以付款凭证起诉，声称多付了货款，法院的认定过程会综合考虑多个方面。以下是对此问题的详细分析：

1. 付款凭证的审查：

   • 法院首先会审查原告提供的付款凭证的真实性、合法性和关联性。这包括确认凭证是否伪造、篡改，以及付款凭证上的金额、日期、收款人等关键信息是否与案件相关。

2. 合同内容的核查：

   • 法院会查阅合同原件，核对合同中约定的货款金额、支付方式、支付时间等条款，以确定原告是否按照合同约定支付了货款。
   • 如果合同中有关于货款支付的具体规定，如分期付款、预付款、尾款等，法院会依据这些规定来判断原告是否多付了货款。

3. 双方交易习惯的考虑：

   • 在长期合作或多次交易中，双方可能形成了特定的交易习惯或惯例。法院会考虑这些习惯或惯例，以判断原告的付款行为是否符合双方的交易习惯。

4. 被告的抗辩与证据：

   • 被告有权对原告的起诉进行抗辩，并提供相关证据来支持其观点。例如，被告可以提供收货记录、发票、对账单等证据，以证明原告并未多付货款。
   • 法院会综合考量原、被告双方提供的证据，以及双方的陈述和辩论，来形成对案件事实的认定。

5. 法律适用的判断：

   • 在综合上述各方面因素后，法院会根据相关法律法规和司法解释的规定，对案件进行法律适用判断。例如，根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，判断原告是否有权要求被告返还多付的货款。

综上所述，法院在认定原告是否多付货款时，会综合考虑付款凭证、合同内容、双方交易习惯、被告的抗辩与证据以及法律适用等多个方面。因此，原告在起诉时，除了提供付款凭证外，还应尽可能提供其他相关证据来支持其主张。同时，被告也应积极应诉，提供充分的证据来反驳原告的起诉。