针对您提出的“房屋分离合约书已经二十几年了，法院鉴定无效，最后法院会怎么判”的问题，我会从以下几个方面进行详细解答：

结论前置

如果房屋分离合约书被法院鉴定为无效，法院将会根据相关法律法规，结合案件的具体情况，对合约书的无效性进行确认，并据此作出相应的判决。判决结果可能包括但不限于：恢复房屋原状、赔偿损失、承担违约责任等。

详细解答

1. 合约书无效的法律后果：

   • 恢复房屋原状：如果合约书涉及的房屋分离行为违反了法律法规或损害了他人合法权益，法院可能会判决恢复房屋到分离前的状态。
   • 赔偿损失：因合约书无效导致一方或双方遭受损失的，法院可能会根据损失情况，判决责任方赔偿相应的经济损失。
   • 承担违约责任：如果合约书中约定了违约责任，且该责任不因合约无效而免除，那么法院可能会判决违约方承担相应的违约责任。

2. 法院判决的考虑因素：

   • 法律法规：法院在判决时会严格依据相关法律法规，包括但不限于《民法典》中关于合同无效的规定。
   • 案件事实：法院会全面审查案件事实，包括合约书的签订背景、内容、履行情况以及双方当事人的过错程度等。
   • 社会影响：在某些情况下，法院还会考虑判决的社会影响，以确保判决结果既符合法律精神，又能够维护社会稳定和公平正义。

3. 后续行动建议：

   • 咨询专业律师：如果您面临此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更全面地了解您的法律权益和可能的法律后果。
   • 收集证据：为了支持您的主张或抗辩，建议积极收集相关证据，包括合约书、交易记录、通信记录等。
   • 参与诉讼：如果无法通过协商解决问题，您可能需要参与诉讼程序，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，如果房屋分离合约书被法院鉴定为无效，法院将会根据法律法规和案件具体情况作出相应的判决。因此，建议您在面对此类问题时，及时咨询专业律师，并采取积极的应对措施。