关于您父亲在世时做的分房协议38年后是否有效，以及已支付款项38年后被否认的问题，以下是我的详细分析：
分房协议的效力问题
- 协议有效性：一般来说，如果分房协议是您父亲在世时，基于真实意愿，与相关方（如其他家庭成员）自愿签订，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。即使经过了38年，只要协议本身没有无效或可撤销的情形，其效力不会因时间的流逝而自动消失。
- 可能影响效力的因素：然而，如果协议存在如欺诈、胁迫、重大误解等可撤销的情形，或者协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定（如涉及非法买卖房产等），那么协议可能被视为无效或可撤销。此外，如果协议中约定的房产在签订后发生了权属变更（如被出售、赠与或继承给第三方），也可能影响协议的履行。
已支付款项被否认的问题
- 证据收集：对于已支付款项被否认的情况，关键在于收集并保存好相关证据。这包括但不限于支付凭证（如银行转账记录、收据、发票等）、证人证言（如当时在场的其他家庭成员或朋友）、以及任何能够证明支付事实的其他书面材料。
- 法律途径：如果收集到足够的证据证明款项确实已经支付，且对方仍然否认，您可以通过法律途径来维护自己的权益。这可能包括提起民事诉讼，要求对方确认支付事实或返还相应款项。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定来作出判决。
- 诉讼时效：需要注意的是，民事诉讼一般有时效限制。然而，对于已经支付款项但长期未提出异议的情况，如果对方现在才提出否认，且您能够提供充分证据证明支付事实，那么诉讼时效可能不是阻碍您维权的主要因素。但具体还需根据案件情况和相关法律规定来判断。
针对您情况的特殊考虑
- 历史背景：考虑到分房协议和支付款项都发生在38年前，当时的社会背景和法律环境可能与现在有所不同。因此，在分析问题时，需要充分考虑当时的历史背景和相关法律规定。
- 家庭关系：家庭财产纠纷往往涉及复杂的家庭关系和情感因素。在处理此类纠纷时，建议尽量通过协商、调解等和平方式解决，以维护家庭和谐和亲情关系。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
建议：
- 首先，尝试与对方进行友好协商，看是否能够达成共识并解决问题。
- 如果协商无果，建议收集并保存好相关证据，以便在必要时通过法律途径维护自己的权益。
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
如果您有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。