关于您提出的“房屋分离协议超过20年了，法院鉴定无效，最后判决会是怎么样的”这一问题，我首先明确一下结论：如果房屋分离协议被法院鉴定为无效，那么法院将不会按照该协议的内容进行判决，而是会根据实际情况，依据相关法律法规，对房屋的所有权、使用权等权益进行重新分配。

接下来，我将从几个方面详细解释这一问题：

1. 协议无效的法律后果：

   • 当一份协议被法院认定为无效时，该协议自始没有法律约束力，即双方当事人不能基于该协议主张任何权利或承担任何义务。
   • 在房产纠纷中，这意味着房屋分离协议中关于房屋分割、归属等约定将不被法院认可。

2. 法院的处理方式：

   • 法院在确认协议无效后，会进一步审理案件，查明事实，包括房屋的实际出资情况、使用状况、登记情况等。
   • 根据查明的事实，法院会依据《民法典》中关于物权、共有财产分割等相关规定，对房屋权益进行公正合理的分配。

3. 可能涉及的法律规定：

   • 《民法典》第一百四十三条规定了民事法律行为有效的条件，包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定等。若房屋分离协议违反这些条件，则可能被认定为无效。
   • 《民法典》第三百零八条规定了共有物分割的原则，即共有人可以按照约定分割共有物；没有约定或者约定不明确的，按份共有人可以随时请求分割，共同共有人在共有的基础丧失或者有重大理由需要分割时可以请求分割。

4. 实际案例的参考：

   • 在实际案例中，法院对于无效协议的判决通常会考虑双方当事人的实际情况，如是否存在过错、是否造成损失等因素，并据此作出公正的裁决。

综上所述，如果房屋分离协议被法院鉴定为无效，法院将根据实际情况和相关法律法规对房屋权益进行重新分配。因此，在处理此类纠纷时，建议双方当事人积极收集证据，充分阐述自己的观点和理由，以便法院能够作出公正合理的判决。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。