当员工已经持有欠工资证明，并且后续收到了拖欠的工资时，以下是一些建议来处理这种情况：

首先，员工应该确认收到的金额是否与欠工资证明上注明的金额一致。如果金额相符，那么这一步就已经完成了大部分的工作。如果金额不符，员工需要再次与雇主沟通，明确差额部分的原因，并要求补发。

其次，员工在收到拖欠工资后，应该向雇主索要一份工资发放证明或者收据。这份证明或收据应该明确注明支付的金额、支付的时间以及支付的是哪一段时间的工资。这样，如果未来再次出现任何纠纷或疑问，这份证明或收据将作为有力的证据。

接着，如果员工之前已经向劳动监察部门投诉或申请了劳动争议仲裁，那么在收到工资后，应该及时通知相关部门或仲裁机构。这样，相关部门或机构可以及时更新案件状态，确保员工的权益得到保障。

此外，虽然员工已经收到了拖欠的工资，但之前因拖欠工资可能产生的其他权益损失（如利息、赔偿金等）仍然可以与雇主进行协商或通过法律途径进行追讨。员工应该根据自己的实际情况和法律法规来做出决定。

最后，为了避免未来再次出现类似的情况，员工可以与雇主协商建立更完善的工资支付机制，明确工资支付的时间、方式以及违约责任等。同时，员工也可以加强自己的法律意识，了解相关的劳动法律法规，以便在必要时维护自己的合法权益。

总之，当员工收到拖欠的工资后，应该仔细核对金额、索要证明、通知相关部门、考虑其他权益损失，并与雇主协商建立更完善的工资支付机制。这样才能确保自己的权益得到充分的保障。