针对“项目未依法履行基本建设审批程序后期怎么整改”的问题，以下是我的专业建议：
首先，项目未依法履行基本建设审批程序，必须立即停止建设，并依法进行整改。具体整改步骤如下：
自查自纠，明确问题：
- 全面审查项目从立项到当前阶段的所有文件，明确哪些环节未依法履行审批程序。
- 评估未履行审批程序可能带来的法律风险和后果，包括但不限于行政处罚、项目停工、合同违约等。
补充办理审批手续：
- 根据自查结果，向相关部门提交补充审批申请，包括但不限于项目建议书、可行性研究报告、初步设计、施工图设计等阶段的审批。
- 准备齐全的申请材料，包括项目基本情况、投资规模、建设内容、建设地点、建设期限等，并严格按照相关法律法规和部门规章的要求进行编制和提交。
加强与相关部门的沟通：
- 主动与审批部门沟通，了解审批流程、要求和注意事项，确保申请材料的准确性和完整性。
- 及时跟进审批进度，对于审批过程中提出的问题和意见，及时作出回应和修改。
整改落实与验收：
- 按照审批部门的要求进行整改，确保项目符合相关法律法规和部门规章的规定。
- 整改完成后，向审批部门申请验收，并提交相关证明材料。
完善内部管理：
- 对项目未依法履行审批程序的原因进行深入分析，查找管理漏洞和薄弱环节。
- 完善内部管理制度，加强项目审批流程的监督和管控，确保今后项目依法依规进行。
此外，还需注意以下几点：
- 合规性审查：在整改过程中，应确保所有行为符合相关法律法规和部门规章的要求，避免产生新的法律风险。
- 时间效率：整改工作应尽快进行，以减少对项目进度的影响。同时，应合理安排时间，确保整改工作的质量和效果。
- 持续监督：整改完成后，应加强对项目的持续监督，确保项目后续建设依法依规进行。
如你在整改过程中遇到任何具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。