若项目已因违反基本建设程序被查处，核心结论是需立即采取补救措施并评估法律风险，具体分情况处理如下：

1. 若手续缺失但可补办

   • 补办程序：立即向当地发改委、自然资源局、住建局等部门提交补办申请，说明未及时办理的原因（如政策理解偏差、流程衔接失误等），并附上完整的项目材料（如立项文件、用地规划、环评报告等）。
     
   • 风险规避：补办期间需暂停施工，避免因“未批先建”被认定为违法建设，否则可能面临罚款、拆除或责令整改的处罚。
     
   • 法律依据：根据《建筑法》第7条，未取得施工许可证擅自施工的，可处工程合同价款1%-2%的罚款；若项目涉及土地使用，还需符合《土地管理法》中关于用地审批的规定。
     

2. 若手续存在实质性违法（如未取得用地许可、未通过环评）

   • 立即整改：停止项目推进，与相关部门沟通整改方案（如重新申请用地指标、补充环评报告等）。若涉及土地违法，可能需退还非法占用土地并恢复原状。
     
   • 法律后果：根据《城乡规划法》第64条，未取得建设工程规划许可证建设的，可能被限期拆除或没收实物；若项目已投入使用，还可能面临行政处罚后的信用惩戒（如列入黑名单）。
     
   • 协商空间：若项目符合产业政策或民生需求，可尝试与政府部门协商“容缺办理”或“分期补办”，但需以书面形式明确补办期限和责任。
     

3. 若已进入行政处罚程序（如收到《责令改正通知书》）

   • 积极应对：在收到通知后15日内提出陈述、申辩，或申请听证（若处罚较重）。需重点说明项目是否存在“情有可原”的情形（如政策调整导致流程延误）。
     
   • 行政复议/诉讼：若对处罚结果不服，可在60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。但需注意，复议/诉讼期间处罚一般不停止执行，需提前评估风险。
     

预防性建议：

• 前期合规审查：项目启动前，委托律师或专业机构对用地、规划、环评等手续进行合规性审查，避免“带病推进”。
  
• 动态跟踪政策：基本建设程序可能因地方政策调整而变化（如“放管服”改革后部分手续简化），需定期与主管部门沟通。
  
• 证据留存：保留所有与政府部门的沟通记录、申请材料、批复文件，以备后续争议时作为证据。
  

提示：若项目已因手续问题被立案调查，或您对补办流程、处罚应对有具体疑问，可直接向我说明项目阶段和已取得的手续，我会进一步分析风险点并给出操作建议。