核心前提：用户咨询的是特殊建设工程未经审批的处理方式，涉及法律责任及补救措施。

结论前置：

1. 立即停止施工并补办审批手续
   根据《中华人民共和国消防法》第十二条及《建设工程消防设计审查验收管理暂行规定》，特殊建设工程（如人员密集场所、大型商业综合体等）未经消防设计审查或验收合格擅自施工的，建设单位需立即停工，并向住建部门申请补办消防设计审查、消防验收或备案手续。

   • 法律依据：
     
     • 《消防法》第五十八条：未依法进行消防设计审查或验收的，责令停止施工/使用，并处3万-30万元罚款。
       
     • 《建设工程质量管理条例》第五十七条：未办理工程质量监督手续擅自施工的，责令限期改正，处20万-50万元罚款。
       
   • 操作建议：
     
     • 提交消防设计文件、施工许可证等材料至当地住建部门；
       
     • 配合行政机关调查，主动整改以减轻处罚。

2. 承担行政责任与民事责任

   • 行政责任：
     除罚款外，若工程已投入使用，可能被责令停止使用并强制拆除违规部分。
     
   • 民事责任：
     若因未审批导致第三方损失（如火灾、坍塌），建设单位需承担侵权赔偿责任，包括人身损害、财产损失等。
     
   • 刑事风险：
     若违规行为导致重大安全事故，可能涉嫌“工程重大安全事故罪”（《刑法》第一百三十七条），处5年以下有期徒刑或拘役。

3. 合规建议：预防性措施

   • 前期审查：施工前委托第三方机构进行消防设计合规性审查；
     
   • 动态跟踪：建立审批进度台账，避免因流程延误导致违法；
     
   • 法律培训：对项目管理人员进行建设工程法规培训，强化合规意识。

延伸说明：
特殊建设工程的审批涉及消防、规划、环保等多部门联动，建议建设单位在项目立项阶段即委托专业法律团队介入，确保流程合规。若已发生未审批施工，需优先通过行政复议或诉讼争取补办手续的机会，而非被动等待处罚。

如有具体案件细节（如工程类型、所在地、处罚通知内容等），可进一步提供信息以便针对性分析。