发放不在实名制系统的工资以套取工程款，政府是会管的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 实名制系统的重要性

1. 保障农民工权益：实名制系统是确保农民工工资按时足额支付的重要手段，通过该系统可以记录农民工的工时、工资等信息，防止企业拖欠或克扣工资。
2. 规范企业管理：要求企业使用实名制系统管理员工工资，可以规范企业的财务管理和用工行为，减少不合法、不合规的操作。

二. 套取工程款的行为性质

1. 违法行为：通过发放不在实名制系统的工资来套取工程款，实质上是一种欺诈行为，违反了相关法律法规，如《中华人民共和国建筑法》、《保障农民工工资支付条例》等。
2. 损害多方利益：这种行为不仅损害了国家的工程款项管理秩序，还可能导致农民工工资被拖欠，损害农民工的合法权益，同时也会影响企业的信誉和长远发展。

三. 政府的监管措施

1. 严格监管：政府相关部门会对企业的工资支付情况进行严格监管，确保企业按照实名制系统的要求支付农民工工资。
2. 查处违法行为：一旦发现企业通过发放不在实名制系统的工资来套取工程款，政府将依法进行查处，包括罚款、吊销资质证书等行政处罚，甚至可能追究刑事责任。

综上所述，发放不在实名制系统的工资以套取工程款是违法行为，政府是会进行监管和查处的。我建议企业应遵守相关法律法规，规范用工和财务管理行为，确保农民工工资的按时足额支付。如有进一步需要，您可以继续咨询我。