工程被招标单位中标后，施工合同与甲方签订是合法的。下面我将从几个方面对此进行详细解释：

1. 招标投标的法律性质：

   • 招标投标是一种特殊的合同签订方式，通过公开、公平、公正的竞争，选择最优的承包商来承担工程建设任务。
   • 中标即意味着招标单位认可了投标单位的报价、技术、质量等条件，并同意与其签订合同。

2. 施工合同的签订：

   • 施工合同是工程建设中最重要的合同之一，它明确了发包人（甲方）与承包人（中标单位）之间的权利义务关系。
   • 根据招标投标的法律规定，中标通知书发出后，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。

3. 合法性分析：

   • 中标单位作为经过公开竞争选出的承包商，与甲方签订施工合同是履行招标投标程序的结果，符合法律法规的规定。
   • 施工合同的签订是基于双方的真实意思表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，因此是合法的。

4. 实践中的操作：

   • 在实际操作中，中标单位会与甲方就合同的具体条款进行协商，包括工程范围、工期、质量、价款、支付方式等。
   • 协商达成一致后，双方会签订正式的施工合同，并依据合同开展后续的工程建设工作。

综上所述，工程被招标单位中标后，施工合同与甲方签订是合法的。这是招标投标法律制度的体现，也是工程建设领域常见的合同签订方式。如果你在施工合同签订或履行过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。