在商业交易中，发行单位和发货单位不一致的情况并不罕见，这通常涉及到供应链中的不同环节由不同的实体负责。处理这种情况时，关键在于明确各方的权利义务，并确保交易的安全与合规。以下是我作为律师对此问题的详细分析：

1. 合同审查与明确：

   • 首先，应仔细审查相关合同，特别是关于发行和发货的条款。确认合同中是否明确规定了发行单位和发货单位可以不同，并了解各自的责任和义务。
   • 如果合同中没有明确规定或规定不明确，建议与交易各方进行沟通，明确各自的角色和责任，并考虑在合同中补充相关条款。

2. 风险防控：

   • 从法律风险防控的角度，建议对发行单位和发货单位的资质、信誉进行尽职调查，确保它们均具备合法经营资格和良好的商业信誉。
   • 在交易过程中，应保留所有相关证据，如合同、发票、运输单据等，以便在出现纠纷时能够证明交易的真实性和合法性。

3. 税务与合规考虑：

   • 发行单位和发货单位不一致可能涉及税务问题，如增值税的缴纳、发票的开具等。建议咨询专业税务顾问，确保税务处理的合规性。
   • 同时，应关注相关法律法规的合规要求，如反垄断法、反不正当竞争法等，确保交易活动不违反相关法律法规。

4. 纠纷解决机制：

   • 在合同中应明确纠纷解决机制，如协商、调解、仲裁或诉讼等方式，以便在出现纠纷时能够迅速有效地解决。
   • 如果发生纠纷，建议首先通过友好协商的方式解决；协商不成时，可根据合同约定的纠纷解决机制采取相应的法律行动。

综上所述，发行单位和发货单位不一致时，应通过合同审查与明确、风险防控、税务与合规考虑以及纠纷解决机制等方面来确保交易的安全与合规。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。