针对“拆迁单位与被拆迁人未达成协议但影响国家重点工程的如何处理”这一问题，以下是我的专业解答：

首先，需要明确的是，尽管拆迁工作涉及国家重点工程，但拆迁单位与被拆迁人之间的协议仍然应当基于双方自愿、公平、合法的原则达成。若双方未能达成协议，且该情况已经影响到国家重点工程的进展，拆迁单位应当采取以下措施：

1. 继续协商与沟通：

   • 拆迁单位应再次尝试与被拆迁人进行深入的沟通和协商，了解其具体诉求和担忧，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 可以邀请第三方调解机构或专业人士参与协商，以促进双方达成共识。

2. 依法申请裁决或诉讼：

   • 若协商无果，拆迁单位可以依据相关法律法规，向当地人民政府或相关部门申请裁决。
   • 在裁决过程中，拆迁单位应提供充分的证据和资料，以证明其拆迁行为的合法性和必要性，以及与被拆迁人协商无果的情况。
   • 若裁决结果仍无法满足双方需求，拆迁单位可以依法向人民法院提起诉讼，通过法律途径解决争议。

3. 确保国家重点工程进展：

   • 在处理与被拆迁人的争议时，拆迁单位应同时关注国家重点工程的进展，确保工程不受影响或延误。
   • 若因被拆迁人的不配合导致工程受阻，拆迁单位应及时向相关部门报告，并寻求政府支持和协助。

4. 遵守法律法规与程序：

   • 在整个处理过程中，拆迁单位必须严格遵守相关法律法规和程序，确保自身行为的合法性和正当性。
   • 不得采取任何违法或不当手段迫使被拆迁人接受协议，以免引发更大的法律纠纷和社会问题。

综上所述，当拆迁单位与被拆迁人未达成协议且影响国家重点工程时，拆迁单位应继续协商与沟通，依法申请裁决或诉讼，并确保国家重点工程的进展不受影响。同时，拆迁单位必须遵守法律法规与程序，确保自身行为的合法性和正当性。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。