对于按件计工资的怀孕员工，其工资计算方式主要遵循相关法律法规及劳动保护规定。以下是对此问题的详细解答：
一、怀孕期间工资计算原则
正常劳动情况下的工资计算：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》等法律法规，用人单位不能因女职工怀孕而降低其工资。
- 在计件工资制度下，如果怀孕女职工能够正常进行劳动并完成计件任务，她的工资应依据正常的计件单价来计算，不得无故克扣。
因病假或特殊情况下的工资计算：
- 如果怀孕导致身体不适，女职工在办理完相关病假手续后，应按照病假工资的规定支付，而非计件工资。
- 病假工资的具体标准可能因地区而异，但通常不会低于最低工资标准的80%。
- 对于计件工人，病假期间的工资可能以其过去三个月的平均工资为计算基准。
二、怀孕期间员工的特殊待遇与保护
劳动合同保护：
- 用人单位在女职工怀孕期间不得单方解除劳动合同，即使劳动合同履行期限届满，也应顺延至产后一年。
劳动强度及禁忌劳动保护：
- 不得安排怀孕女职工从事国家规定的第三级体力劳动强度的劳动和孕期禁忌从事的劳动。
- 对怀孕7个月以上的女职工，不得安排其延长工作时间和夜班劳动。
工间休息或减轻工作：
- 妊娠满7个月的女职工应给予工间休息或适当减轻工作。
三、建议与注意事项
了解并遵守当地法律法规：
- 不同地区可能对怀孕女职工的工资计算及劳动保护有具体规定，建议用人单位和女职工都了解并遵守。
及时沟通与协商：
- 如果怀孕女职工在工资或劳动条件方面遇到问题，应及时与用人单位沟通并协商解决。
维护合法权益：
- 如果用人单位违反规定降低怀孕女职工的工资或侵犯其合法权益，女职工可以通过法律途径维护自身权益，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，按件计工资的怀孕员工的工资计算应遵循相关法律法规及劳动保护规定，确保女职工在怀孕期间得到应有的待遇和保护。