在合同纠纷中，当双方证据相互矛盾时，确实一般由负有举证责任的一方承担不利后果。这是基于“谁主张，谁举证”的诉讼原则。以下是对此问题的详细分析：

1. 举证责任的原则：

   • 在民事诉讼中，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据加以证明。这就是“谁主张，谁举证”的原则。
   • 如果一方当事人未能提供足够证据来支持其主张，或者其提供的证据与对方当事人的证据相矛盾且无法形成优势证据，那么该方当事人将可能承担不利后果。

2. 不利后果的承担：

   • 当双方证据相互矛盾，且负有举证责任的一方无法提供更有力的证据来支持其主张时，法院可能会判决该方当事人败诉。
   • 这意味着，该方当事人将需要承担因败诉而带来的法律后果，如赔偿损失、承担诉讼费用等。

3. 举证责任的分配：

   • 举证责任通常根据案件的具体情况和法律规定来分配。
   • 在合同纠纷中，如果合同中有明确约定或者法律规定了某一方的举证责任，那么该方就需要承担相应的举证责任。

4. 实际案例的应用：

   • 在实际案例中，法院会根据双方当事人的证据情况，结合法律规定和案件事实，来综合判断哪一方当事人应当承担不利后果。
   • 因此，在合同纠纷中，当事人应当尽可能收集并保存相关证据，以确保在诉讼中能够支持自己的主张。

综上所述，当双方证据相互矛盾时，负有举证责任的一方确实需要承担不利后果。因此，在合同纠纷中，当事人应当重视证据的收集和保存工作，以确保自己的合法权益得到保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。