用人单位以迟到为由不发工资是不合法的。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 法律层面：

   • 法律上并未明确规定迟到可以扣工资，迟到仅仅是缺勤时间较短的一种形式。在迟到的时间内，劳动者未提供劳动，因此不发给该部分时间的报酬在一定程度上符合法律逻辑，但并不能因此不发全部工资。
   • 若单位无正当理由以迟到为由克扣工资，且未造成用人单位经济损失，这种行为可能构成违法。

2. 单位规章制度：

   • 单位扣款必须依据其依法制定的规章制度，且该制度需经过全体职工讨论、有工会和职工代表参与制定，并经过公示，确保内容合法。
   • 如果单位没有这样的规章制度，或者规章制度制定程序不合法，那么以迟到为由不发工资就是不合法的。

3. 劳动者权益：

   • 劳动者有权获得劳动报酬，这是劳动法赋予的基本权利。
   • 面对单位无故扣工资的情况，劳动者可以采取与单位沟通、向劳动保障监察部门投诉、寻求法律援助等措施来维护自己的合法权益。

4. 实际操作建议：

   • 首先，劳动者应了解《劳动合同法》等相关法律法规的规定，明确自己的权利和义务。
   • 其次，尝试与单位进行沟通，了解扣款的具体原因和依据，如果单位的扣款行为没有合法依据，可以要求单位进行纠正。
   • 如果单位拒绝纠正，劳动者可以携带相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录等）到用人单位工商注册登记的同级劳动保障监察部门投诉。
   • 在必要时，劳动者还可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，用人单位以迟到为由不发工资是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并采取相应措施来维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。