对于合同约定由甲方签字并盖章后生效，但如果仅盖章未签字的情况，合同是否有效需根据具体条款、相关法律法规及实际履行情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。如果合同中明确约定需要“签字并盖章”才生效，那么仅盖章而未签字时，合同原则上可能并未满足生效的全部要件。

2. 特殊情况下的认定：

   • 实际履行：如果双方已经按照合同的约定实际履行了主要义务，并且对方也接受了这种履行，那么即使合同未完全按照约定的形式（如仅盖章未签字），也可以视为合同已经成立并生效。
   • 双方真实意图：在司法实践中，法院也会考虑双方的真实意图。如果双方以实际行动表明接受了仅盖章的合同，并且没有提出异议，那么合同有可能被视为有效。

3. 综合考虑因素：

   • 在判断合同是否生效时，应仔细审查合同的具体条款、相关法律法规以及实际情况，包括双方的交易历史、沟通记录等，以确定合同是否已经生效。同时，也要注意考虑双方的真实意图、交易习惯以及行业惯例等因素。

4. 具体建议：

   • 如果合同确实存在仅盖章未签字的情况，并且双方对合同的效力存在争议，建议首先尝试通过友好协商来解决问题。
   • 如果协商无果，可以寻求法律途径来确认合同的效力。在此过程中，应保留好所有与合同签订和履行相关的证据，以便在需要时提供证明。

综上所述，对于合同约定由甲方签字并盖章后生效，但仅盖章未签字的情况，合同是否有效需根据具体条款、相关法律法规及实际履行情况综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。