当公司不配合变更股东会决议时，处理起来确实需要一些细致的操作。以下是我根据您的咨询，结合相关法律法规给出的建议：

首先，我们要明确的是，股东会作为公司的最高权力机构，其决议对公司及全体股东均具有约束力。如果公司不配合执行股东会已经作出的合法决议，那么这实际上是对公司治理结构的挑战，也是对股东权益的侵害。

针对这种情况，您可以采取以下步骤来应对：

1. 再次沟通协商：

   • 尝试与公司管理层或相关股东进行再次沟通，明确表达股东会决议的合法性和必要性，以及不配合执行可能带来的后果。
   • 了解公司不配合的具体原因，看是否存在误解或可以协商解决的障碍。

2. 依据公司章程和法律途径解决：

   • 如果沟通无果，您应当查阅公司章程，看是否有关于股东会决议执行的具体规定，以及不执行决议的处罚措施。
   • 若公司章程有明确规定，可依据章程规定采取相应措施，如提起内部诉讼或请求仲裁等。
   • 若公司章程无明确规定，或规定不明确，您可依据《公司法》等相关法律法规，向法院提起诉讼，请求法院确认股东会决议的合法性，并要求公司履行相关义务。

3. 申请强制执行：

   • 如果法院作出有利于您的判决，但公司仍不配合执行，您可以向法院申请强制执行。
   • 法院将依据判决内容，采取一系列强制措施，如查封、扣押、冻结公司财产等，以迫使公司履行义务。

4. 考虑公司治理结构的调整：

   • 如果公司长期不配合执行股东会决议，可能表明公司治理结构存在问题。
   • 在此情况下，您可以考虑与其他股东协商，对公司治理结构进行调整，如更换管理层、调整股权结构等。

综上所述，当公司不配合变更股东会决议时，您应当首先尝试沟通协商；如果无果，则依据公司章程和法律途径解决问题；必要时，可申请强制执行或考虑公司治理结构的调整。在整个过程中，请务必保留好相关证据，以便在需要时提供证明。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。