一般情况下，公司不能起诉员工仅仅因为员工开展业务所得款项进入了公司账户。下面我会从几个角度来分析这个问题：

1. 法律关系分析：

   • 员工为公司开展业务，所得款项进入公司账户，这是员工履行工作职责的正常行为。
   • 在没有证据表明员工存在违法行为（如挪用公款、侵占公司财产等）的情况下，公司无权起诉员工。

2. 公司内部控制：

   • 公司应该建立完善的财务管理制度和内部控制流程，确保业务款项能够正确、及时地进入公司账户。
   • 如果员工在业务过程中存在不当行为，公司应通过内部管理制度进行纠正和处理，而不是直接起诉员工。

3. 法律后果：

   • 如果公司无故起诉员工，可能会对员工造成不必要的法律困扰和名誉损害。
   • 同时，公司也可能因此面临法律诉讼的风险，包括承担诉讼费用、赔偿员工损失等。

4. 建议措施：

   • 公司应加强对员工的业务培训和职业道德教育，确保员工能够正确、合规地开展业务。
   • 如果发现员工存在违法行为，公司应及时向相关部门举报，并配合调查处理。

综上所述，公司在没有充分理由的情况下不能起诉员工仅仅因为业务款项进入了公司账户。如果公司认为员工存在不当行为，应通过内部管理制度进行纠正和处理，或者向相关部门寻求法律帮助。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的咨询，可以直接向我提问。