工程合作协议是否属于违法分包，需根据具体情况来判断。
首先，我们要明确什么是违法分包。在建设工程领域，违法分包通常指的是承包人将承包的工程违反法律法规规定，分包给不具备相应资质条件的单位或个人，或者将工程主体结构、关键性工作等分包给他人的行为。
现在，我们来分析工程合作协议：
- 协议性质与内容：工程合作协议的本质是合作双方就工程建设的某些方面达成的共识和约定。如果协议内容仅仅是关于双方如何合作、分工、责任承担等，并未涉及将工程违法分包给第三方，那么这样的协议就不属于违法分包。
- 合作方资质：如果工程合作协议中，一方将部分工程分包给另一方，那么需要考察被分包方的资质。如果被分包方具备相应的资质条件，且分包的内容不违反法律法规的禁止性规定，那么这样的分包行为就是合法的，协议也就不属于违法分包。
- 分包范围与方式：即使合作方具备资质，也需要进一步考察分包的范围和方式。如果分包的是工程的非主体结构、非关键性工作，且分包方式符合法律法规的规定，那么这样的分包行为同样是合法的。
综上所述，工程合作协议是否属于违法分包，关键在于协议的具体内容、合作方的资质以及分包的范围和方式。因此，在签订工程合作协议时，双方应当仔细审查协议条款，确保合作内容合法合规，避免涉及违法分包的风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。