招标文件明确规定非法人企业不得参与投标，这样的规定是不合法的。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律未禁止非法人组织参与招标：

   • 非法人组织虽不具有法人资格，但依法能够以自己的名义从事民事活动，包括参与招标。法律并未明确禁止非法人组织参与招标活动。

2. 参与招标的条件：

   • 非法人组织只要具备独立财产或经费，能独立承担民事责任，并且符合招标项目规定的资格条件（如专业能力、技术水平和业绩等），就有权参与投标竞争。

3. 招标方的义务：

   • 招标方在设定招标条件时，应遵守相关法律法规，不得无故限制或排斥非法人组织的参与。拒绝非法人组织投标申请的做法缺乏法律依据。

4. 非法人组织参与招标的注意事项：

   • 若非法人组织决定参与投标，需严格遵守招投标相关法律法规，提供真实有效的材料和信息。
   • 中标后，应按合同约定履行义务，否则将承担相应的法律责任。

综上所述，招标文件明确规定非法人企业不得参与投标是不合法的。非法人组织在符合相关条件的情况下，有权参与投标竞争。如果招标方以非法人组织身份为由拒绝其投标申请，非法人组织可以依法维护自己的合法权益。