当您在工作中遭受工伤而公司不配合治疗时，您可以按照以下步骤来维护自己的合法权益：

第一步：及时就医与收集证据

• 受伤后，您的首要任务是尽快前往医院接受治疗，以确保伤情得到及时控制，避免病情恶化。
• 在治疗的同时，务必留意收集与工伤相关的各类证据。这些证据包括但不限于：劳动合同（以证明您与公司的劳动关系）、事故现场的照片或视频（以还原事故经过）、证人证言（目击者或其他同事的陈述）以及医院出具的诊断证明（以证明您的伤情和治疗情况）。

第二步：申请工伤认定

• 收集好证据后，您需要向当地劳动保障行政部门提交工伤认定申请表和相关证据，申请工伤认定。这是确认您是否属于工伤的重要步骤。
• 若您的申请被认定为工伤，而公司仍然不配合治疗，那么您可以进入下一步。

第三步：进行劳动能力鉴定

• 申请劳动能力鉴定，以确定您的伤残等级。这是计算赔偿金额的重要依据，因为不同的伤残等级对应着不同的赔偿标准。

第四步：申请劳动仲裁

• 依据劳动能力鉴定结果，您可以通过劳动仲裁要求公司承担工伤赔偿责任。赔偿项目通常包括医疗费、停工留薪期工资、伤残津贴等。
• 在劳动仲裁过程中，您需要充分举证，证明工伤事实和自身损失。如果公司提出异议，劳动仲裁委员会将依据事实和法律进行裁决。

第五步：提起诉讼（如必要）

• 如果您对劳动仲裁结果不满意，或者公司拒绝履行劳动仲裁裁决，您可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。
• 通过法律程序，您可以依靠法律的强制力来保障自己的合法权益，促使公司配合完成工伤治疗和赔偿。

综上所述，当公司不配合工伤治疗时，您应该积极采取行动，通过及时就医、收集证据、申请工伤认定、进行劳动能力鉴定以及申请劳动仲裁等步骤来维护自己的合法权益。如果必要，您还可以向人民法院提起诉讼，以确保自己的权益得到充分保障。