当公司破产且员工正处于医疗期时，赔偿问题是一个需要特别关注的事项。以下是根据相关法律法规为您详细解答的赔偿处理流程：
一、破产财产清偿顺序
首先，依据《企业破产法》的相关规定，公司破产后的财产清偿需遵循一定的顺序。破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，会先支付职工的工资、医疗与伤残补助、抚恤费用，以及应划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用。接下来，才会支付法律和行政法规规定应支付给职工的补偿金。
二、医疗期内员工经济补偿计算
对于医疗期内的员工，除了应支付的正常工资外，公司还需支付经济补偿。经济补偿的计算根据劳动者在本单位的工作年限来确定：
若员工的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么支付经济补偿的标准将按职工月平均工资的三倍数额计算，且支付年限最高不超过十二年。
三、医疗费用赔偿
在公司破产清算完毕后，对于员工的医疗费用赔偿也有明确规定。相关部门会对员工的医疗费用进行清算和审核，确保员工在治疗过程中所产生的合理费用能够得到全额报销。这包括但不限于住院费用、药品费用、检查费用等。
四、员工应如何维护自身权益
在医疗假期间公司破产的情况下，员工的权益会受到法律的保护。员工应及时了解自己的权益和应得的赔偿，积极与相关部门（如破产管理人、劳动仲裁委员会等）沟通协调，确保自身利益得到最大程度的维护。如果公司未能按照法律规定进行赔偿，员工可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，当公司破产且员工处于医疗期时，赔偿问题会按照上述流程进行处理。员工应密切关注破产清算的进展，并及时与相关部门联系以了解自己的权益和赔偿情况。