员工在不知情的情况下，不会因公司的违法行为被机关单位罚款。具体分析如下：

1. 法律责任的独立性：

   • 员工与公司在法律上是独立的个体。公司的违法行为，除非员工直接参与或知情，否则员工不应承担法律责任。
   • 机关单位对公司进行罚款，是基于公司的违法行为，而非员工的个人行为。

2. 罚款权限的限定：

   • 仅有行政执法机关才能对个人的违法违规行为实行罚款处理。
   • 公司作为非行政执法机构，无权对员工进行罚款，即使员工违反了公司规定。

3. 员工不知情的情况：

   • 如果员工对公司的违法行为完全不知情，且没有参与或协助，那么员工不应承担任何与公司违法行为相关的法律责任。
   • 在这种情况下，员工无需担心因公司的违法行为而被机关单位罚款。

4. 员工权益的保护：

   • 如果公司因违法行为被罚款，并试图将责任转嫁给员工，员工可以依法维护自己的权益。
   • 员工可以向劳动仲裁机构或劳动行政部门申诉，寻求法律援助和保护。

综上所述，员工在不知情的情况下，不会因公司的违法行为被机关单位罚款。如果员工面临此类情况，应及时咨询专业律师，了解自己的权益和应对策略。