病假单上备注“仅供公司参考”，公司不可以直接以此为由不批病假。下面我将从法律角度和实际操作层面对此进行详细解释：

1. 法律角度：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，员工因病需要休假的，应当提供医疗机构的病假证明。病假单是员工因病需要休息的证明，公司应当予以认可。
   • 病假单上备注“仅供公司参考”并不影响其法律效力。该备注只是表明病假单的使用范围，即仅供公司内部参考，但并未否定病假单本身的真实性和有效性。

2. 实际操作层面：

   • 公司收到员工的病假单后，应当进行核实。如果病假单是真实有效的，且员工确实因病需要休息，公司应当批准员工的病假申请。
   • 如果公司对病假单的真实性有疑问，可以要求员工提供进一步的医疗证明或者进行复查。但在未核实清楚之前，公司不能直接拒绝员工的病假申请。

3. 公司规章制度：

   • 公司可以在规章制度中明确病假申请的具体流程和要求，包括病假单的提交、核实方式等。
   • 但规章制度的内容不能违反法律法规的规定，即不能剥夺员工因病休假的权利。

综上所述，病假单上备注“仅供公司参考”并不构成公司不批病假的合法理由。公司应当根据实际情况和法律法规的规定，合理处理员工的病假申请。如果公司在处理病假申请过程中存在违法行为，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。