虚开案件被移送司法机关后，将进入刑事司法程序，涉及侦查、起诉、审理等阶段，需要专业辩护力量与办案机关充分沟通。具体处理如下：
一. 了解案件流程与阶段
- 案件审查：司法机关将对移送来的案件进行全面审查，包括事实、证据、证明标准等方面，以决定是否立案侦查。
- 侦查阶段：若立案，公安机关将进行侦查，收集证据，包括但不限于口供、司法会计鉴定等，以形成完整的证据链。
- 起诉阶段：侦查结束后，案件将移送检察机关，由检察机关审查并决定是否提起公诉。
- 审理阶段：若提起公诉，案件将进入法院审理阶段，由法院根据证据和法律规定作出判决。
二. 辩护策略与重点
- 事实辩护：重点审查案件事实是否清楚，证据是否充分，特别是“资金回流”等关键证据是否足以证明虚开行为。例如，通过逐笔统计资金往来，梳理交易链条，查找采购入库或销售出库的原始凭证，以动摇司法机关对“无货虚开”的内心确信。
- 证据辩护：关注证据的合法性、客观性和关联性，特别是司法会计鉴定意见的合法性和公正性。如发现鉴定过程存在违法或不公正情形，应及时提出异议并申请重新鉴定或排除非法证据。
- 证明标准辩护：虚开案件的证明标准应达到证据确实、充分，足以排除一切合理怀疑。辩护律师应严格审查案件证据是否达到这一标准，如未达到，则应提出无罪或罪轻的辩护意见。
三. 量刑与后续处理
- 量刑辩护：在案件审理阶段，辩护律师应充分发表量刑意见，争取从轻、减轻或免除处罚。特别是针对虚开税款数额较大的案件，应努力寻找减轻情节，如主动补缴税款、挽回国家税款损失等。
- 后续处理：案件判决后，如企业被认定虚开犯罪，将面临纳税信用评级下降、发票无法申领等后果。此时，辩护律师可协助企业寻求转换经营方式、保障原有职工就业等解决方案，以减轻企业损失和社会影响。
我建议：虚开案件移送司法机关后，企业应积极配合调查，同时聘请专业辩护律师进行全程辩护。辩护律师应充分利用专业知识和经验，为当事人提供有效的法律帮助和辩护策略，以维护当事人的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。