员工在厂里亏损了材料，应首先明确亏损的原因和责任，然后依据公司规章制度和劳动法律法规进行相应处理。具体分析如下：

一. 明确亏损原因和责任

1. 调查亏损情况：公司应首先对材料的亏损情况进行详细调查，包括亏损的数量、价值、时间、地点等，并尽可能收集相关证据，如监控录像、出入库记录等。
2. 确定责任人员：通过调查，明确导致材料亏损的具体责任人员，是员工个人疏忽、故意为之，还是管理不善、制度漏洞等原因。

二. 依据公司规章制度处理

1. 查看公司规章制度：根据公司的规章制度，查看对于员工造成材料亏损的处理规定，如是否有赔偿、处罚等条款。
2. 执行规章制度：若公司规章制度中有明确规定，则按照规定执行，如要求员工赔偿损失、给予纪律处分等。

三. 依据劳动法律法规处理

1. 评估处理方式的合法性：公司在处理员工亏损材料时，必须确保处理方式的合法性，不得违反《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规。
2. 避免违法处理：例如，不得要求员工承担全部损失，而应根据实际情况和员工的过错程度进行合理分担；不得对员工进行非法拘禁、殴打等违法行为。

四. 后续措施

1. 完善管理制度：针对此次材料亏损事件，公司应反思管理制度是否存在漏洞，并及时进行完善，以防止类似事件再次发生。
2. 加强员工培训：加强对员工的法律意识和职业道德培训，提高员工的工作责任心和职业素养。

我建议，在处理员工亏损材料的问题时，公司应做到公正、合理、合法，既要维护公司的合法权益，也要保障员工的合法权益。同时，公司应加强内部管理，完善制度，提高员工素质，以预防类似事件的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。