在行政处罚案件中，机关负责人集体讨论时，主要领导因事无法参加是可以的，但应确保讨论程序合法有效。具体分析如下：

1. 法规依据：根据《行政处罚法》及相关行政规定，并未明确要求集体讨论时必须由主要领导亲自参加。这些规定更侧重于讨论程序的公正性、合法性以及决策的科学性，而非特定人员的参与。

2. 制度灵活性：以《淮安市城市管理局重大行政处罚案件集体讨论制度》为例，该制度明确规定了集体讨论的程序和要求，其中第四条指出，会议由主要领导主持，如主要领导无法参加，可由主要领导授权分管法制领导主持会议。这体现了制度的灵活性，确保了即便主要领导无法出席，讨论也能顺利进行。

3. 程序保障：虽然主要领导可以因事不参加集体讨论，但必须确保讨论过程符合法定程序，如会议记录、表决程序、决策结果等均需符合相关规定。同时，如果主要领导未参加讨论，应确保讨论结果能够及时向其汇报，以便其了解并作出必要指示。

4. 实践考量：在实际操作中，由于各种原因（如紧急事务、病假等），主要领导可能无法每次都参加集体讨论。因此，制度设计时应考虑到这种情况，并作出相应规定，以确保行政工作的连续性和高效性。

综上所述，在行政处罚案件中，机关负责人集体讨论时，主要领导因事无法参加是允许的，但应确保讨论程序的合法有效，并采取相应的措施保障决策的科学性和公正性。如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。