公司仅有一个支付凭证，也是可以起诉职务侵占的。不过，这需要该支付凭证足够确实、充分，能够作为有效证据来支持起诉。下面我详细为您解释一下：

法律依据与证据要求

根据《刑事诉讼法》的相关规定，对一切案件的判处都要重证据。证据确实、充分，应当符合以下条件：

1. 定罪量刑的事实都有证据证明；
2. 据以定案的证据均经法定程序查证属实；
3. 综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。

因此，如果公司的支付凭证能够满足上述条件，即可以作为控告职务侵占的有效证据。

实际操作建议

1. 证据收集：除了支付凭证外，公司还应尽可能收集其他相关证据，如交易记录、聊天记录、证人证言等，以形成完整的证据链，增强证据的说服力。

2. 法律咨询：在起诉前，建议公司咨询专业律师（比如我），对证据进行全面评估，确保证据的充分性和有效性。同时，律师还可以根据具体情况，为公司提供针对性的法律建议。

3. 报案与起诉：如果证据确凿，公司可以向公安机关报案，由公安机关进行侦查。如果公安机关认为构成职务侵占罪，会依法立案侦查并提起公诉。如果公安机关不予立案，公司也可以直接向人民法院提起自诉。

综上所述，公司仅有一个支付凭证也是可以起诉职务侵占的，但关键在于该凭证是否确实、充分，能否作为有效证据来支持起诉。因此，在起诉前，建议公司务必对证据进行全面评估，并咨询专业律师的意见。