针对您提出的问题“原告当时出资入股却叫被告出借条，法院会怎么判”，首先我们需要明确一点：出资入股与借款在法律上是两种截然不同的法律关系，它们各自承载着不同的权利和义务。下面我将从几个角度对此问题进行分析：

1. 法律关系分析：

   • 出资入股：这通常意味着原告成为被告公司或项目的股东，享有股东权益，同时也承担股东责任。入股行为应伴随着股权转让协议或投资协议的签订，明确双方的权利义务。
   • 借款：借款则是一种债权债务关系，借款人（被告）有义务按照约定向出借人（原告）偿还本金及利息。借款行为通常通过借款合同或借条来确认。

2. 法院可能的判决：

   • 如果原告以借条为证据提起诉讼，法院首先会审查借条的真实性、合法性以及是否存在欺诈、胁迫等无效情形。
   • 若借条真实有效，且被告无法证明该笔款项实为原告的投资款，法院可能会依据借条认定双方存在借贷关系，并判决被告向原告偿还借款及利息。
   • 然而，如果被告能够提供充分证据证明该笔款项实际上是原告的投资款，且双方有明确的投资协议或股权转让协议，那么法院可能会认定借条只是形式上的，并不反映双方的真实法律关系，从而驳回原告的诉讼请求或按投资纠纷处理。

3. 法律建议：

   • 在此类纠纷中，证据的收集和整理至关重要。原告应尽可能提供借条、转账记录、聊天记录等证据来证明借款事实的存在。
   • 被告则应积极收集投资协议、股权转让协议、公司账目等证据来反驳原告的诉讼请求。
   • 双方都应考虑聘请专业律师进行法律咨询和代理，以确保自己的合法权益得到最大程度的保护。

综上所述，法院在处理此类案件时会根据双方提供的证据和事实来综合判断双方的真实法律关系，并据此作出判决。因此，无论是原告还是被告，都应积极收集证据并寻求专业法律帮助来维护自己的合法权益。