两个事业单位合并后主管上级未办理注销手续给债权人造成损失，应依法追究主管上级的行政责任或赔偿责任。具体分析如下：
一. 法律责任分析
事业单位合并后的注销义务：
- 根据《事业单位登记管理暂行条例》第十三条：“事业单位被撤销、解散的，应当向登记管理机关办理注销登记或者注销备案”。事业单位合并后，原事业单位应依法办理注销手续，这是其法定的义务。
主管上级的责任：
- 若主管上级未履行或未正确履行这一义务，导致债权人无法及时知晓事业单位合并情况，进而无法及时主张债权，造成损失的，主管上级应承担相应的法律责任。
- 这种责任可能包括行政责任，如被责令改正、给予警告等；若造成债权人实际损失的，还可能涉及赔偿责任。
二. 赔偿路径与依据
行政赔偿：
- 若主管上级的未注销行为被认定为行政违法行为，且该行为直接导致了债权人的损失，债权人可以依据《国家赔偿法》的相关规定，向主管上级申请行政赔偿。
民事赔偿：
- 同时，债权人也可以基于民法上的侵权责任或违约责任，向主管上级提起民事诉讼，要求其承担民事赔偿责任。
- 在此情况下，债权人需要证明主管上级的未注销行为与自身损失之间存在直接的因果关系，并据此要求赔偿。
三. 实际操作建议
收集证据：
- 债权人应首先收集相关证据，包括事业单位合并的文件、未注销的证明、损失的计算依据等，以证明自己的主张。
协商与调解：
- 在提起诉讼之前，可以尝试与主管上级进行协商或调解，看是否能够达成赔偿协议。
提起诉讼：
- 若协商无果，债权人可以依法向人民法院提起诉讼，要求主管上级承担相应的法律责任。
我建议，债权人应尽快采取行动，通过法律途径维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。