违反竞业协议注册公司的行为，可能会面临竞业协议约定的违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等，同时新注册的公司也可能面临被注销或转让的风险。具体分析如下：
一. 违反竞业协议的法律后果
承担违约责任：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。因此，如果劳动者违反竞业协议注册公司，将需要承担违约责任。
新公司可能面临风险：如果新注册的公司是基于违反竞业协议而设立的，那么该公司可能会因为涉及不正当竞争或侵犯原用人单位的商业秘密而面临法律纠纷。在极端情况下，新公司甚至可能面临被注销或转让的风险。
二. 处理建议
立即停止违约行为：一旦发现自己违反了竞业协议，应立即停止相关违约行为，包括但不限于注销新注册的公司、停止使用或泄露原用人单位的商业秘密等。
与原用人单位协商：主动与原用人单位进行沟通，承认错误并表达诚意，寻求和解的可能性。双方可以协商解决方案，如支付违约金、赔偿损失等。
法律救济：如果无法与原用人单位达成和解，或者原用人单位要求过于苛刻，可以寻求法律救济。通过法律途径解决纠纷，维护自己的合法权益。
我建议，在处理此类问题时，应充分考虑到竞业协议的法律效力以及违约可能带来的严重后果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。