合同纠纷中笔迹鉴定的申请主体应根据“谁主张、谁举证”的原则确定，通常由原告提出，但在特定情况下可由被告提出。以下是对此结论的详细分析：

一. 民事诉讼中的“谁主张、谁举证”原则

1. 原告申请笔迹鉴定：在合同纠纷中，如果原告质疑合同上被告的签名或其他笔迹的真实性，从而主张合同无效或存在瑕疵，那么原告应当承担举证责任，即申请笔迹鉴定以支持其主张。这是基于民事诉讼中“谁主张、谁举证”的基本原则。

   • 例如，甲与乙签订了一份合同，但甲后来声称合同上的签名并非其本人所签，要求确认合同无效。在这种情况下，甲作为主张合同无效的一方，应当承担举证责任，申请笔迹鉴定以证明其签名被伪造。

2. 被告申请笔迹鉴定：然而，也存在特殊情况。当原告已经提供了足够证据证明合同关系成立，并且合同上的笔迹确实属于被告时，如果被告仍然否认并主张笔迹并非其所写，那么此时举证责任转移至被告，被告应当申请笔迹鉴定以支持其反驳。

   • 例如，在上述例子中，如果甲提供了合同原件、证人证言等证据，证明合同上的签名确实为乙所写，而乙仍然否认，那么乙应当承担举证责任，申请笔迹鉴定以证明其签名被误认或伪造。

二. 笔迹鉴定的申请程序

无论是由原告还是被告申请笔迹鉴定，都需要遵循一定的程序：

1. 在举证期前向法院提起申请；
2. 提供鉴定的检材及对比样本（需经对方质证）；
3. 双方协商选定或摇号选定鉴定机构；
4. 鉴定机构接收申请后，凭借专业技术及依法做出鉴定意见；
5. 双方当事人收到鉴定意见后，对鉴定结论有异议的，可以申请重新鉴定。

综上所述，合同纠纷中笔迹鉴定的申请主体应根据具体情况及“谁主张、谁举证”的原则来确定。通常由原告提出，但在原告已经提供足够证据而被告仍然否认的情况下，可由被告提出。在申请笔迹鉴定时，应严格遵循相关程序，以确保鉴定结果的公正性和准确性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。