员工因不能胜任工作被辞退，在一定条件下是有经济补偿的。具体来说：
试用期内的处理：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果员工在试用期内被证明不符合录用条件，如不能胜任工作，且用人单位提供了充分的证据，并经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任，用人单位可以解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。
试用期外的处理：
- 员工过了试用期后，若不能胜任工作，且经过培训或者调整工作岗位仍不能胜任，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同。同时，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
- 经济补偿的计算方式为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
违法解除的处理：
- 如果用人单位无法证明劳动者不能胜任工作，或者未履行法定程序（如未提前通知、未支付额外工资、未提供培训或调岗机会等），就直接以不能胜任工作为由辞退员工，这构成违法解除劳动合同。
- 在这种情况下，用人单位需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
综上所述，员工因不能胜任工作被辞退时，是否有经济补偿取决于多种因素，包括试用期内外、用人单位是否履行了法定程序以及是否存在违法行为等。如果您面临此类情况，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。作为储英芳律师，我专注于医疗事故赔偿和工伤赔偿领域，同时也乐意为您提供劳动法律方面的咨询。