如果公司在不知情的情况下员工发生了工伤，员工应自行及时申请工伤认定，并按规定流程处理后续事宜。具体步骤如下：
及时申请工伤认定：
- 员工或其近亲属、工会组织应在事故发生之日起1年内，直接向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 申请时需准备相关材料，包括劳动合同、医疗诊断证明等。
进行劳动能力鉴定：
- 经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，员工应进行劳动能力鉴定。
- 提交工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料至设区的市级劳动能力鉴定委员会。
与公司协商赔偿：
- 明确赔偿项目，如医疗费、停工留薪期工资、护理费、一次性伤残补助金等。
- 尝试与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，表达诉求并提出合理的赔偿方案。
寻求法律途径解决：
- 如果协商无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交仲裁申请书及相关证据材料。
- 对仲裁结果不满意或在法定期限内未获得仲裁结果的，员工可以向人民法院提起诉讼。
在整个过程中，员工应注意收集和保留相关证据，如劳动合同、工资单、考勤记录、医疗记录等，以支持自己的主张。如果公司在员工发生工伤后故意拖延或拒绝配合，员工可以依法通过劳动仲裁或诉讼途径维护自己的合法权益。
总之，即使公司在不知情的情况下员工发生了工伤，员工也应积极采取措施保护自己的权益，及时申请工伤认定，并按规定流程处理后续事宜。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。