员工“自离”未办理离职手续，仍有权获得已工作期间的工资报酬。但具体能否全额获得及是否需承担其他后果，需结合公司规章制度、劳动合同及相关法律法规综合判断。

详细分析如下：

1. 法律基础与工资支付：

   • 根据我国《劳动法》和《劳动合同法》，劳动者为用人单位提供劳动后，有权获得相应的劳动报酬。这是劳动者的基本权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，及时足额向劳动者支付工资。
   • 即便员工未经批准或未按照公司规定的方式擅自离职，只要其之前已经为公司提供了正常的劳动，那么理论上就应该获得相应的工资报酬。用人单位不能单纯以员工“自离”为由拒绝支付其已工作期间的工资。

2. 公司规章制度与工资扣除：

   • 在实际操作中，公司可能会依据内部规章制度对员工进行处罚，如扣除部分工资作为违约金等，但这必须建立在合法合规的基础上。
   • 如果因为员工“自离”给用人单位造成了经济损失，并且公司有充分的证据证明损失的存在和具体金额，那么公司可以要求员工赔偿相应损失。但这并不构成拒绝支付工资的理由，而是作为额外的赔偿请求。

3. 员工权益保护与纠纷解决：

   • 如果用人单位拒绝支付“自离”员工工资，员工首先应与用人单位进行协商，要求其支付工资。
   • 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令用人单位支付工资。
   • 员工还可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的经济补偿等。如果仲裁结果仍不满意，员工可以依法向人民法院提起诉讼。

4. “自离”的潜在影响：

   • 虽然“自离”员工在法律上有权获得已工作期间的工资报酬，但“自离”行为本身可能会对员工未来的职业发展产生不良影响，被视为不负责任和不尊重公司的表现。

综上所述，员工在离职前应与公司协商并按照规定办理好相关手续，以避免不必要的纠纷和损失。同时，用人单位也应遵守法律法规和公司规章制度，确保员工的合法权益得到保障。如果您在此类问题中遇到任何纠纷或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。