自动离职且不办理离职手续的情况下，工资问题是一个比较常见且复杂的法律问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、自动离职的定义与性质
自动离职，通常是指员工在未经过公司正式批准或未按照合同规定提前通知公司的情况下，擅自离开工作岗位并解除与公司的劳动关系。这种行为在法律上可能被视为违约，但并不意味着公司可以随意扣除员工的全部工资。
二、工资支付情况
有工资但可能无法结算：
- 自动离职的员工仍然有权获得其已工作期间的工资。然而，由于未办理离职手续，公司可能无法按照正常流程进行工资结算。
- 如果员工在离职前已经完成了相应的工作并产生了应得的工资，那么这部分工资应当支付给员工。
特殊情况下的工资扣除：
- 如果员工的自动离职给公司造成了实际损失，如项目中断、客户流失等，公司有权根据劳动合同或相关法律法规要求员工赔偿损失。在这种情况下，公司可能会从员工的工资中扣除部分或全部赔偿金额。
- 如果员工在离职前存在未归还的公司财物或未结算的借款等，公司也有权在工资中扣除相应金额。
三、法律保障与维权途径
法律保障：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，劳动者提供劳动后有权获得相应的劳动报酬。即使员工自动离职，公司也不能无故克扣或拖欠员工的工资。
维权途径：
- 如果公司拒绝支付工资或克扣工资，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求公司支付应得的工资。
- 员工还可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、建议与注意事项
- 尽量办理离职手续：为了避免不必要的纠纷和损失，建议员工在离职前尽量与公司协商并办理正式的离职手续。
- 保留证据：如果公司拒绝支付工资或存在其他违法行为，员工应保留好相关证据（如工作记录、工资条、劳动合同等），以便在维权时使用。
- 及时咨询法律意见：如果遇到复杂的法律问题或不确定自己的权益是否受到侵害，建议及时咨询专业律师或法律机构以获取准确的法律意见和帮助。
综上所述，自动离职且不办理离职手续的情况下，员工仍然有权获得其已工作期间的工资。但为了避免不必要的纠纷和损失，建议员工在离职前尽量与公司协商并办理正式的离职手续。如果公司拒绝支付工资或存在其他违法行为，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。