针对您提出的问题“虚开增值税专用发票罪中，税务机关已经通过受票方追缴了税款，是否还能认定造成税款损失”，以下是我给出的详细解答：

首先，我们需要明确虚开增值税专用发票罪的本质。虚开增值税专用发票罪并非单纯以税款损失为构成要件，而是涉及到发票管理的违规行为和税收秩序的破坏。因此，即使税务机关已经通过受票方追缴了税款，也不能直接否定虚开增值税专用发票罪所造成的税款损失这一事实。

其次，税款损失的认定在虚开增值税专用发票罪中具有重要意义，但它并非唯一或决定性的因素。在判断是否构成虚开增值税专用发票罪时，法院会综合考虑多种因素，包括虚开的发票金额、数量、行为人的主观故意、行为对税收秩序的破坏程度等。

现在，我们结合您提供的案例来具体分析。在案例中，B公司接受了A公司虚开的增值税专用发票，并已经抵扣了税款。尽管后来B公司自行补缴了相应税款，但这并不能改变其虚开发票的行为性质。税务机关在发现这一行为后，依然可以根据相关法律法规对B公司进行行政处罚。同时，如果B公司的行为构成了虚开增值税专用发票罪，那么即使税款已经被追缴，也不能免除其刑事责任。

最后，需要注意的是，税务机关追缴税款和法院对虚开增值税专用发票罪的认定是两个独立的程序。税务机关的追缴行为是基于税收管理法规进行的，而法院的认定则是基于刑事法律进行的。因此，税务机关追缴税款的事实并不能直接影响法院对虚开增值税专用发票罪的认定。

综上所述，即使税务机关已经通过受票方追缴了税款，也不能直接否定虚开增值税专用发票罪所造成的税款损失。法院在判断是否构成该罪时，会综合考虑多种因素，并根据相关法律法规作出公正的裁决。